Представителей всех групп животных: от одноклеточных (в основном, конечно, это муляжи) до птиц и млекопитающих.
В экспозиции представлены современные животные, за исключением полного скелета шерстистого мамонта, «встречающего» посетителей у лестницы на второй этаж, и скелета стеллеровой коровы, обосновавшегося в костном зале. Ранее музей располагал некоторым числом ископаемых остатков животных, теперь они находятся в Палеонтологическом музее.
В залах нашего музея сохранен традиционный порядок расстановки экспонатов, берущий начало с учебной коллекции. Животные расставлены в систематическом порядке, тип за типом, отряд за отрядом, в соответствии с представлениями о степени их родства и о ходе эволюции животных.
Основное разнообразие животных, от одноклеточных до рептилий, сосредоточено в Нижнем зале, на первом этаже музея. Над ним находится Верхний зал, целиком занятый птицами и млекопитающими.
И тоже на втором этаже помещается Зал сравнительной анатомии, так называемый «Костный зал», экспозиция которого посвящена показу внутреннего строения позвоночных животных.